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Arrêt maladie du salarié : obligations respectives de l’employeur et du salarié

Sofiane Coly Sofiane Coly
17 octobre 2025 7 min de lecture
Arrêt maladie du salarié : obligations respectives de l’employeur et du salarié

L’arrêt maladie d’un salarié met en jeu un ensemble d’obligations réciproques dont la méconnaissance peut avoir des conséquences juridiques et financières significatives pour les deux parties. Du côté du salarié, le respect des formalités et des restrictions liées à l’arrêt conditionne le maintien de ses droits. Du côté de l’employeur, le versement de l’indemnité complémentaire, l’organisation de la contre-visite et le respect de la protection de l’emploi constituent des impératifs légaux encadrés par le Code du travail et le Code de la sécurité sociale. Cet article détaille l’ensemble du cadre juridique applicable.

Les obligations du salarié en arrêt maladie

La justification dans les 48 heures

L’article L.1226-1 du Code du travail conditionne le bénéfice de l’indemnité complémentaire à la justification de l’incapacité dans les quarante-huit heures. Le salarié doit transmettre son certificat médical d’arrêt de travail à l’employeur et à la CPAM dans ce délai. Le volet 1 est adressé au service médical de la CPAM, le volet 2 aux services administratifs de la CPAM, et le volet 3 à l’employeur. Le non-respect de ce délai peut entraîner la perte du droit au maintien de salaire par l’employeur et la suspension du versement des indemnités journalières de la sécurité sociale.

Le respect des heures de sortie autorisées

Le salarié en arrêt maladie doit respecter les heures de présence à domicile fixées par le médecin prescripteur, sauf en cas d’autorisation de sorties libres. Les heures de présence obligatoire sont, sauf mention contraire du médecin, de 9h à 11h et de 14h à 16h. Le non-respect de ces horaires expose le salarié à une suspension des indemnités journalières en cas de contrôle par la CPAM, et peut également constituer un motif de remise en cause du maintien de salaire par l’employeur à la suite d’une contre-visite.

L’interdiction d’exercer une activité

Pendant la durée de l’arrêt maladie, le salarié ne peut exercer aucune activité professionnelle, qu’elle soit rémunérée ou non, sauf autorisation expresse du médecin prescripteur. L’exercice d’une activité pendant un arrêt maladie constitue un manquement à l’obligation de loyauté et peut justifier un licenciement disciplinaire pouvant aller jusqu’au licenciement pour faute grave, selon la jurisprudence constante de la Cour de cassation.

Le maintien de salaire par l’employeur : l’article L.1226-1 du Code du travail

L’article L.1226-1 du Code du travail impose à l’employeur le versement d’une indemnité complémentaire aux indemnités journalières de la sécurité sociale, sous réserve que le salarié remplisse les conditions suivantes : justifier d’une ancienneté d’au moins un an dans l’entreprise, avoir justifié de son incapacité dans les quarante-huit heures, être pris en charge par la sécurité sociale, et être soigné sur le territoire français ou au sein de l’EEE (Légifrance, article L.1226-1 du Code du travail, en vigueur depuis le 23 décembre 2015).

Le texte exclut expressément les salariés travaillant à domicile, les salariés saisonniers, les salariés intermittents et les salariés temporaires du bénéfice de cette indemnité complémentaire.

Le montant et la durée du maintien

Les articles D.1226-1 et D.1226-2 du Code du travail fixent le montant et la durée du maintien de salaire. L’indemnité complémentaire est versée à compter du huitième jour d’absence (délai de carence de sept jours), sauf dispositions conventionnelles plus favorables. Le montant est de 90 % de la rémunération brute pendant les trente premiers jours, puis des deux tiers de cette rémunération pendant les trente jours suivants. Ces durées sont augmentées de dix jours par période entière de cinq ans d’ancienneté au-delà de la première année, sans pouvoir excéder quatre-vingt-dix jours.

Point pratique : L’indemnité complémentaire versée par l’employeur vient en complément des indemnités journalières de la sécurité sociale. Le cumul des deux ne doit pas excéder le montant de la rémunération nette que le salarié aurait perçue s’il avait travaillé. L’employeur doit donc déduire les IJSS du montant de l’indemnité complémentaire.

La contre-visite médicale patronale

L’article L.1226-1 du Code du travail prévoit que le maintien de salaire est versé sous réserve de la contre-visite médicale (« contre-visite s’il y a lieu »). Le décret n° 2024-692 du 5 juillet 2024, entré en vigueur le 7 juillet 2024, a précisé les formes et conditions de cette contre-visite dans les articles R.1226-10 à R.1226-12 du Code du travail.

L’employeur qui verse l’indemnité complémentaire peut mandater un médecin pour effectuer une contre-visite au domicile du salarié ou au cabinet du médecin, pendant les heures de présence obligatoire ou sur convocation. Le médecin contrôleur se prononce sur le caractère justifié de l’arrêt de travail et transmet ses conclusions à l’employeur.

Si le médecin contrôleur conclut à l’absence de justification de l’arrêt ou si le salarié refuse de se soumettre à la contre-visite, l’employeur peut suspendre le versement de l’indemnité complémentaire. Le salarié peut contester les conclusions de la contre-visite en saisissant la CPAM pour un nouvel examen. Les indemnités journalières de la sécurité sociale ne sont pas affectées par la contre-visite patronale ; seul le maintien de salaire par l’employeur peut être remis en cause.

La subrogation dans le versement des IJSS

L’employeur qui maintient le salaire pendant l’arrêt maladie peut pratiquer la subrogation, c’est-à-dire percevoir directement les indemnités journalières de la sécurité sociale en lieu et place du salarié. La subrogation est de droit lorsque le salaire maintenu est au moins égal au montant des indemnités journalières. Elle doit être mentionnée sur l’attestation de salaire transmise à la CPAM. Ce mécanisme simplifie la gestion administrative et garantit au salarié une continuité de revenus sans décalage de trésorerie.

La protection contre le licenciement pendant l’arrêt maladie

Contrairement à une idée répandue, l’arrêt maladie ne confère pas au salarié une protection absolue contre le licenciement. Le licenciement d’un salarié en arrêt maladie est possible, mais il ne peut pas être fondé sur l’état de santé du salarié, sous peine de nullité pour discrimination au sens de l’article L.1132-1 du Code du travail.

En revanche, le licenciement peut être justifié par des motifs étrangers à la maladie, notamment la désorganisation de l’entreprise résultant de l’absence prolongée ou des absences répétées du salarié, lorsqu’elle rend nécessaire son remplacement définitif. La Cour de cassation exige la preuve cumulative de trois éléments : des absences prolongées ou répétées, une désorganisation réelle de l’entreprise (et non du seul service), et la nécessité de pourvoir au remplacement définitif du salarié par un recrutement en CDI.

Le licenciement peut également être fondé sur un motif disciplinaire lié à des faits antérieurs à l’arrêt ou découverts pendant celui-ci, ou encore sur un motif économique. Dans tous les cas, la lettre de licenciement ne doit jamais mentionner la maladie ou l’état de santé du salarié.

La visite de reprise et la question de l’inaptitude

A l’issue d’un arrêt maladie d’au moins trente jours, l’employeur est tenu d’organiser une visite de reprise auprès du médecin du travail dans un délai de huit jours suivant la reprise effective du travail. Cette visite a pour objet de vérifier l’aptitude du salarié à reprendre son poste et de proposer, le cas échéant, des mesures d’aménagement ou d’adaptation.

Si le médecin du travail constate l’inaptitude du salarié à son poste, l’employeur est tenu de rechercher un reclassement conformément aux articles L.1226-2 et suivants du Code du travail. En cas d’impossibilité de reclassement dûment justifiée, ou de refus par le salarié de l’emploi proposé, l’employeur peut procéder au licenciement pour inaptitude. Le salarié déclaré inapte à la suite d’une maladie non professionnelle bénéficie d’une indemnité de licenciement calculée selon le droit commun.

Attention : En cas d’inaptitude consécutive à un accident du travail ou à une maladie professionnelle, les règles sont plus protectrices : l’indemnité de licenciement est doublée (article L.1226-14 du Code du travail) et une indemnité compensatrice de préavis est due même si le salarié est dans l’impossibilité de l’exécuter.

Les dispositions conventionnelles plus favorables

Les dispositions légales relatives au maintien de salaire constituent un minimum que les conventions et accords collectifs peuvent améliorer. De nombreuses conventions collectives prévoient des conditions plus favorables : suppression ou réduction du délai de carence, prise en charge à 100 % dès le premier jour, durée de maintien allongée, absence de condition d’ancienneté. Il est indispensable de vérifier les dispositions de la convention collective applicable à l’entreprise, ainsi que celles des accords d’entreprise et des contrats de prévoyance complémentaire.

Les régimes de prévoyance complémentaire viennent souvent compléter le maintien de salaire légal et conventionnel, en garantissant une indemnisation au-delà des durées légales et en assurant le maintien d’un certain pourcentage de la rémunération pendant la totalité de l’arrêt. Ces garanties font l’objet d’un régime juridique spécifique encadré par le livre IX du Code de la sécurité sociale.

En définitive, la gestion d’un arrêt maladie impose à l’employeur comme au salarié une vigilance constante quant au respect de leurs obligations respectives. La consultation d’un avocat spécialisé en droit du travail et de la protection sociale permet d’anticiper les difficultés et de sécuriser la situation juridique de chaque partie.

Sources juridiques : Articles L.1226-1, D.1226-1, D.1226-2, R.1226-10 à R.1226-12, L.1226-2, L.1226-14, L.1132-1 du Code du travail. Décret n° 2024-692 du 5 juillet 2024 (Légifrance).

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